Игра «Ниндзя Гайдн 3 - Древний корабль судьбы» стала заключительной серией в успешной 8-битной трилогии. Время выхода - август 1991-го года. Ирен Лью - подруга Рю Хаябусы (главного героя и резидента всей игровой серии) убита. Все улики указывают на то, что убийцей является сам Рю. Понимая, что кто-то или что-то каким-то образом принял обличие главного героя и совершил это ужасное преступление. Таким образом, наш ниндзя отправляется на поиски истины - он будет сам вершить правосудие.

Геймплей заметно ускорился по сравнению с предыдущей частью трилогии, а управление стало более чувствительным. Герой усовершенствовал свой прыжок, научившись дольше задерживаться в воздухе.